Génétique du cheval 4,1 : La calculatrice de consanguinité, les instructions détaillées et l’interprétation

 

La calculatrice de consanguinité est fournie comme un outil simple et rapide pour calculer les coefficients de consanguinité pour des animaux de pédigrées existants et comme un outil de comparaison pour la progéniture potentielle des croisements virtuels (essais de croisements virtuels). Elle est basée sur quatre générations d’ancêtres (parents, grands-parents, arrière-grands-parents, arrière-arrière-grands-parents), c’est-à-dire, 30 ancêtres au total en utilisant la version simplifiée de la formule de consanguinité de pédigrée de Sewell Wright :

Afin de simplifier davantage le processus, un numéro est utilisé pour désigner un animal donné dans le pédigrée, plutôt que le nom complet (et souvent compliqué) de l’animal. Pour le premier pédigrée parental (Pédigrée A, avec les numéros d’ancêtres 1 à 15), les numéros ne changent pas et le parent peut être le père ou la mère.  Pour le deuxième pédigrée parental (Pédigrée B, avec les numéros d’ancêtres de 16 à 30), les numéros changent s’il y a des ancêtres communs avec le premier pédigrée parental. La position relative des ancêtres communs dans les deux pédigrées parentaux est importante pour le fonctionnement de la calculatrice. Il est important de noter que les ancêtres communs dans un seul pédigrée parental (A ou B) ne sont pas utilisés dans le calcul. Seulement les ancêtres communs entre les pédigrées A et B sont pris en considération. Ainsi, ça peut  résulter en une sous-estimation du coefficient de consanguinité absolue calculé, mais ça ne devrait pas interférer avec les conclusions relatives en comparant des pédigrées pour les croisements virtuels.

Cette calculatrice est fournie comme un outil aux éleveurs et est le produit de la vision et de la mise en œuvre de M. Benoit Bouchard, M.Ing. (ingénieur et éleveur de carlins depuis longtemps) en collaboration avec Labgenvet, et avec la consultation et l’aide technique de Dr Guy Labbé, DMV.  Il est important de mentionner que le coefficient de consanguinité est un outil parmi plusieurs autres outils à la disposition des éleveurs pour faire les décisions concernant l’accouplement.  Les éleveurs sont responsables de la compréhension adéquate du coefficient de consanguinité et de l’utilisation judicieuse de la calculatrice.

Calculer le coefficient de consanguinité pour un animal donné

Pour calculer le coefficient de consanguinité pour un animal donné, le pédigrée paternel (représenté par les numéros d’ancêtres 1 à 15) est comparé au pédigrée maternel (représenté par les numéros d’ancêtres 16 à 30). Les positions relatives aux ancêtres communs dans les deux pédigrées parentaux sont importantes pour le fonctionnement de la calculatrice. Notez que dans le pédigrée A, les positions 2, 4, 6, 8, 10, 12 et 14 sont indiquées par des rectangles bleus et représentent des animaux mâles, tandis que les positions 3, 5, 7, 9, 11, 13 et 15 sont indiquées par des rectangles roses et représentent des animaux femelles. De manière similaire, dans le pédigrée B, les positions 17, 19, 21, 23, 25, 27 et 29 représentent des animaux mâles, tandis que les positions 18, 20, 22, 24, 26, 28 et 30 représentent des animaux femelles.

Évidemment, pour les ancêtres communs aux deux pédigrées, les numéros d’animaux mâles de pédigrée A (2, 4, 6, 8, 10, 12 et 14) ne devraient remplacer que les numéros d’animaux mâles dans le pédigrée B (17, 19, 21, 23, 25 , 27 et 29). De la même manière, les nombres d’animaux femelles du pédigrée A (3, 5, 7, 9, 11, 13 et 15) ne devraient remplacer que les nombres d’animaux femelles du pédigrée B (18, 20, 22, 24, 26, 28 et 30). Les positions des parents sont marquées par des rectangles jaunes. Si le père est représenté par la position 1 dans le pédigrée A, la mère sera représentée par la position 16 dans le pédigrée B. Sinon, si la mère est représentée par la position 1 dans le pédigrée A, le père sera représenté par la position 16 dans le pédigrée B.

Le coefficient de consanguinité calculé est une estimation pour l’animal en question et celui-ci ne prend pas en considération la consanguinité possible et préexistante des parents.  N’oubliez pas d’initialiser la calculatrice entre les calculs en appuyant sur le bouton de réinitialisation.

L’interprétation du coefficient de consanguinité

Une discussion des risques de la consanguinité s’impose. Une valeur élevée du coefficient de consanguinité augmente le risque que les effets de la consanguinité soient exprimés et que ces effets soient majoritairement nuisibles. Par contre, ce même coefficient de consanguinité élevé permet aussi d’augmenter les chances que les traits désirables en lien avec la race en question soient fixés. Ainsi, la consanguinité peut être vu comme un compromis. Les effets délétères (nuisibles, néfastes) associés à la consanguinité commencent à être observés lorsque le coefficient de consanguinité est supérieur à 5%, c’est-à-dire juste un peu en-dessous de la valeur du coefficient de consanguinité d’un croisement entre deux cousins (6,25%). Il est conseillé de maintenir un coefficient de consanguinité inférieur à 10 %, ce qui permet de fixer une quantité modeste de traits désirables sans toutefois que les effets nuisibles de la consanguinité soient trop prononcés. Ainsi, il faut éviter les croisements incestueux (qui donnent un coefficient de consanguinité plus élevé que 12,5 %) par exemple, un accouplement entre un parent et son enfant, entre un frère et une sœur, entre un grand-parent et son petit-enfant et entre un demi-frère et une demi-sœur. En pratique, il est recommandé de choisir un croisement qui donnera une valeur de coefficient de consanguinité inférieure au coefficient de consanguinité moyen de la race en question. Si plusieurs possibilités de croisements avec un coefficient de consanguinité inférieur à la moyenne de la race sont disponibles, il est préférable de choisir celui qui donne le plus bas coefficient de consanguinité.

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© 2020 Dr David W. Silversides