- Abiotrophie cérébelleuse (gène MUTYH et TOE1) Arabe, Cheval miniature, Eriskay, Gotland, Oldenbourg
- Anomalies oculaires congénitales multiples (MCOA), liées à PMEL (gène PMEL) American Miniature horse, Ardennes horse, Contois horse, Icelandic horse, Kentucky Mountain Saddle, Missouri Fox Trotter, Morgan… (plus)
- Asthénie cutanée régionale équine héréditaire, HERDA (gène PPIB) American Paint Horse, Appaloosa, Quarter Horse
- Atavisme squelettique (gène SHOX) Shetland Pony
- Carcinome épidermoïde oculaire, SCC (gène DDB2) American Paint Horse, Appaloosa, Belgian, Connemara Pony, Haflinger
- Cécité de l’Appaloosa, Complexe léopard, LP (gène TRPM1) Appaloosa
- Couleur de robe diluée avec défauts neurologiques (syndrome du poulain lavande, LFS) (gène MYO5A) Arabe
- Déficit de l’enzyme de ramification du glycogène, GBED (GBE1) American Paint Horse, Quarter Horse
- Épidermolyse bulleuse jonctionnelle, HJEB – American Saddlebred (gène LAMA3) American Saddlebred
- HJEB – Épidermolyse bulleuse jonctionnelle héréditaire – Belge (gène LAMC2) Belgian
- Hydrocéphalie familiale (gène B3GALNT2) Frison
- Hyperthermie maligne, Quarter Horse (gène RYR1) Quarter Horse
- Immunodéficience combinée sévère, SCID (gène PRKDC) Arabe
- Malformation atlantoaxio-occipitale (gène HOXD3) Arabe
- Myopathie à stockage de polysaccharides 1, PSSM1 (gène GYS1) American Paint Horse, Appaloosa, Chevaux de trait, Quarter Horse, Warmblood
- Myosite à médiation immune, IMM (gène MYH1) Quarter Horse
- Myotonie congénitale, liée au CLCN1 (gène CLCN1) New Forest Pony
- Nanisme chondrodysplasique (gène ACAN) Cheval miniature, Shetland Pony
- Paralysie périodique hyperkaliémique, HYPP (gène SCN4A) American Paint Horse, Quarter Horse
- Syndrome auditif-pigmentaire, lié à PAX3 (gène PAX3) Appaloosa, Lipizzan horse, Noriker, Purebred Spanish, Quarter Horse
- Syndrome d’immunodéficience lié au SLC5A3 (gène SLC5A3) Dales Pony, Fell Pony
- Syndrome de Poulain blanc, OLWFS (gène EDNRB) American Paint Horse, Miniature Horse, Pur-sang, Quarter Horse
- Syndrome de séparation de la paroi du sabot (HWSS) (gène SERPINB11) Connemara Pony
- Syndrome du poulain fragile, FFS (gène PLOD1) Morgan, Pur-sang, Quarter Horse, Standardbred, Warmblood
- Syndrome du poulain nu (gène ST14) Akhal-Teke horse
- Thrombasthénie de Glanzmann (gène ITGA2B) Oldenbourg, Peruvian Paro horse, Pur-sang, Quarter Horse